Prochaines formations

Atelier découverte et formation aux nouvelles techniques d’IRM pour la recherche préclinique

8 octobre 2016

Centre de Résonance Magnétique des Systèmes Biologiques

Inscription gratuite mais obligatoire

Cette journée est ouverte à tous les personnels des laboratoires de recherche de l’Université de Bordeaux. Elle sera basée sur un enseignement interactif et comprendra un temps consacré à des séances de travaux pratiques.

Organisé par :

La plateforme d’imagerie biomédicale (UMS3767)

Le centre de résonance magnétique des systèmes biologieques (UMR5536)

Le groupe d’imagerie neurofonctionnelle, équipe de l’institut des maladies neurodégénératives (UMR5293)

Contact :

Aministration du stage :

– Dr William Lefrançois : 05.47.30.42.55

– Secrétariat : 05.57.57.10.74

Responsable pédagogique:

– Dr Sylvain Miraux : 05.57.57.10.74

– Fax : 05.57.57.45.56

Formations déjà proposées

De l’idée au projet : la charte / Formation SIRIC BRIO

De l’idée au projet : les principales composantes / Formation SIRIC BRIO

25 Novembre 2015, 12h-14h, salle à 2B, Faculté de Droit, Université de Bordeaux, Site Pey Berland – Retrouver ICI la présentation de cette formation.

Poursuivant son cycle d’ateliers autour de la gestion de projet BRIO propose un nouvel atelier suivant une approche pratique pour vous accompagner à la maitrise de la gestion de projets dans le contexte de vos activités de recherche, avec des études de cas et ateliers de groupe.

Formation : Fouille de données et analyses NGS avec le langage R

• Lieu : Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux
• Durée : 4 jours (du lundi 16/11/2015 au jeudi 19/11/2015)
• Coût : Aurélien Barré ([email protected]) ou Hayssam Soueidan ([email protected])

Objectifs:

1. Savoir manipuler et visualiser de grands ensembles de données biologiques
2. Analyser et aligner des séquences venant de reads NGS
3. Déterminer les ANRs messagers différentiellement exprimés à l’aide de données RNA-Seq
4. Enrichir les résultats en utilisant des bases de connaissances

Adresse:

Le Centre de Bioinformatique de Bordeaux est localisé au niveau principal du bâtiment du Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux sur le site Carreire de l’Université Bordeaux Segalen (146, rue Léo Saignat 33076 Bordeaux cedex). Ce campus est situé à proximité du CHU Pellegrin.

Public :

• Ingénieurs, techniciens biologistes et bioinformaticiens de formation.
• Toute personne souhaitant « exploiter » ses données NGS ou évaluer et reproduire les analyses présentées dans les publications scientifiques

Prérequis: Avoir des bases d’utilisation de ligne de commande

Programme: Cette formation introduira le langage R, les techniques de fouille et de visualisation de données, ainsi que les paquetages Bioconductor permettant l’analyse de données issues du séquençage nouvelle génération.

• Le langage R et ses commandes essentielles
• Les formats de fichiers, la lecture et l’écriture de données tabulées
• Les outils de manipulation et de transformation de grands tableaux
• Les outils d’annotation et de conversion d’identifiant biologiques (biomart)
• Les outils de visualisation de données
• Brève introduction aux techniques NGS
• L’alignement de séquences NGS
• L’analyse d’expression différentielle (paquetage edgeR)
• Les techniques d’enrichissement (DAVID, GO, SPIA)
• Dernière demi-journée consacrée à un atelier pédagogique d’analyse et de réflexion sur les données apportées par les stagiaires

Cette formation sera organisée en courtes présentations (20 % du temps) suivies de travaux pratiques basés sur des jeux de données réels (80 % du temps).

Les inscriptions se font sur le site web du CNRS Formation ICI

Formation : Fouille de données et analyses NGS avec le langage R

• Lieu : Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux
• Durée : 4 jours (du 12 au 14 Octobre 2015)
• Coût : Aurélien Barré ([email protected]) ou Hayssam Soueidan ([email protected]), Benjamin Dartigues ([email protected])

Adresse:

Le Centre de Bioinformatique de Bordeaux est localisé au niveau principal du bâtiment du Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux sur le site Carreire de l’Université Bordeaux Segalen (146, rue Léo Saignat 33076 Bordeaux cedex). Ce campus est situé à proximité du CHU Pellegrin.

Objectifs:

1. Savoir rechercher des informations dans les banques de données
2. Maitriser les outils d’analyse de séquences tels que les alignements et savoir interpréter les résultats
3. Maitriser les stratégies d’annotation de génomes bactériens
4. Maitriser les formats et les analyses des nouvelles données issues du séquençage (NGS)

Prérequis:

Aucun – Afin d’adapter au mieux le contenu de la formation aux attentes des stagiaires, il leur est demandé de compléter et de renvoyer le questionnaire qui sera prochainement téléchargeable sur ce site du CNRS.

Programme:

1er jour

• Organisation des banques de données publiques
• Recherche d’information dans des banques de données
• Comparaison et alignement multiple de séquences
• Familles de protéines et domaines fonctionnels

2ème jour

• Stratégie et enjeux de l’annotation de génomes
• Découverte des logiciels de prédiction
• Découverte des plateformes d’annotation en ligne
• Annotation d’un génome

3ème jour

• Etat de l’art du séquençage haut débit
• Formats et manipulation des données NGS
• Analyse avancée à partir de données NGS

Alternance de cours (10 h) et de travaux dirigés (10 h)

Une partie des analyses sera effectuée dans l’environnement Galaxy. Les stagiaires sont invités à apporter leurs données qui seront utilisées, à des fins pédagogiques, pour les exercices de la dernière demi-journée. Cette formation vise les personnes souhaitant développer des analyses bioinformatique à partir de logiciels en ligne. elle s’adresse aussi bien aux ingénieurs ou chercheurs qu’aux biologistes de formation.

Les inscriptions se font sur le site web du CNRS Formation ICI

De l’idée au projet : le cadrage / Formation SIRIC BRIO

(15 juillet 2015, 11h30-14h) – Formation partagée en présentation théorique et travaux en groupe. Retrouver ICI la présentation de cette formation.

Le concept de travail par projet est désormais un concept universellement utilisé dans la plupart des disciplines professionnelles. Aux yeux des bailleurs de fonds et des partenaires de valorisation, le « projet » est devenu l’unité fondamentale de toute activité de recherche et développement. Mais qu’est-ce qu’un projet ? Comment on le définit ? La « gestion de projets » est désormais une discipline à part entière susceptible d’améliorer l’efficacité de la gestion des ressources pour la poursuite d’un objectif (professionnel ou personnel). Au-delà d’une relative spécificité de la gestion de projets dans les différents contextes, les phases d’un projet (cadrage, faisabilité, définition, réalisation, transfert) et les outils nécessaires à leur réalisation restent communs.

Fouille de données et analyses NGS avec le langage R

Lieu : Bordeaux
Durée : 4 jours, de 6 à 15 stagiaires
Coût pédagogique : 1440 euros
Date du stage : du lundi 18/05/2015 au jeudi 21/05/2015

Tout savoir ici

Objectifs :

• Savoir manipuler et visualiser de grands ensembles de données biologiques
• Analyser et aligner des séquences venant de reads NGS
• Déterminer les ARNs messagers différentiellement exprimés à l’aide de données RNA-Seq
• Enrichir les résultats en utilisant des bases de connaissances

Publics :

• Ingénieurs, techniciens biologistes et bioinformaticiens de formation.
• Toute personne souhaitant « exploiter » ses données NGS ou évaluer et reproduire les analyses présentées dans les publications scientifiques

Prérequis:
Avoir des bases d’utilisation de ligne de commande

Programme:
Cette formation introduira le langage R, les techniques de fouille et de visualisation de données, ainsi que les paquetages Bioconductor permettant l’analyse de données issues du séquençage nouvelle génération.

– Le langage R et ses commandes essentielles
– Les formats de fichiers, la lecture et l’écriture de données tabulées
– Les outils de manipulation et de transformation de grands tableaux
– Les outils d’annotation et de conversion d’identifiant biologiques (biomart)
– Les outils de visualisation de données
– Brève introduction aux techniques NGS
– L’alignement de séquences NGS
– L’analyse d’expression différentielle (paquetage edgeR)
– Les techniques d’enrichissement (DAVID, GO, SPIA)

Dernière demi-journée consacrée à un atelier pédagogique d’analyse et de réflexion sur les données apportées par les stagiaires

Cette formation sera organisée en courtes présentations (20 % du temps) suivies de travaux pratiques basés sur des jeux de données réels (80 % du temps).

Intervenants : Hayssam Soueidan, Aurélien Barré

Formation en Bio-Informatique :

Le CBiB, en collaboration avec la cellule de Formation CNRS propose au semestre de printemps trois formations sur l’analyse de séquences en bioinformatique. Les sessions pratiques permettent l’exploration d’une ou plusieurs ressources bioinformatiques particulières (bases de données et/ou outils d’analyse) en relation avec le(s) thème(s) abordé(s) par un atelier théorique précédent. A l’issue de ces sessions, les participants devront être en mesure d’accéder et d’utiliser les ressources présentées pour leurs activités spécifiques de recherche.

• Bioinformatique : Initiation – Dates : 23/03/2015 au 24/03/2015
• Analyse avancée de séquences – Dates : 25/03/2015 au 26/03/2015
• Fouille de données et analyses NGS avec le langage R – Dates : 18/05/2015 au 21/05/2015

Pour plus d’informations, consulter la Newsletter de l’Université

Formation en recherche translationnelle en cancérologie :