Premiers résultats du consortium interSIRIC OSIRIS, pour fédérer les bases de données en cancérologie

OSIRIS : GrOupe inter-SIRIC sur le paRtage et l’Intégration des donnéeS clinico-biologiques en cancérologie

A l’heure de la médecine génomique en cancérologie et avec l’avènement des nouvelles thérapies dont les thérapies ciblées et l’immunothérapie, les enjeux d’interopérabilité, à la fois techniques et sémantiques des données de patients ont pris de plus en plus d’importance dans le secteur de la santé. Avec la caractérisation moléculaire des tumeurs, le cancer est devenu une « multitude de maladies rares » et les données à l’échelle d’un centre hospitalier deviennent insuffisantes pour réaliser certaines études et répondre à certaines questions spécifiques.

En 2013 suite à l’avènement de la médecine de précision et à la mise en place des technologies NGS (Next Generation Sequencing), les centres hospitaliers prenant en charge les patients atteints de cancer commencent à cumuler de nombreuses données cliniques, biologiques et génomiques. L’intérêt de ces données pour produire de la connaissance scientifique est réel mais encore il faut pouvoir standardiser et partager ces données. En 2013, à l’initiative des 8 SIRIC (Site intégrés de recherche en cancérologie) dont BRIO, le SIRIC de Bordeaux et avec le soutien de l’Institut National du Cancer (INCa) un consortium pluridisciplinaire (oncologues, anatomopathologistes, bioinformaticiens, data scientists…) dédié à la question de la standardisation et du partage des données clinico-biologiques a été mis en place. Ils ont construit ensemble un modèle standardisé dynamique de représentation des données en cancérologie, applicable à n’importe quel patient atteint de cancer solides (hors cancers hématologiques). Ce modèle appelé « OSIRIS » s’appuie sur un set de données minimal incluant 67 données cliniques et biologiques et 65 données « omics. Pour faciliter l’interopérabilité, les items cliniques ont volontairement été alignés vers des référentiels connus internationaux ou nationaux. En 2018, l’équipe a publié le GITHUB contenant les informations nécessaires sur le projet OSIRIS et son implémentation dans les systèmes informatiques en local.

En 2019, une étude « preuve de concept » a été réalisée dans 4 SIRIC : Curie, Bordeaux, Lyon et l’HEGP chez 50 patients pris en charge pour un cancer dans le cadre d’un protocole dit de « médecine de précision » (avec une évaluation d’altérations génomiques). Dans un premier temps, les données des patients codées en « OSIRIS » ont permis leur intégration dans un entrepôt de données normalisées. Dans un second temps, les 4 entrepôts ont été interconnectés et il a été alors possible de requêter de l’information de façon multicentrique. Ce maillage « OSIRIS » est unique en France et reste une réalisation forte d’interopérabilité en cancérologie.

L’ensemble des travaux du groupe national « OSIRIS » vient d’être publié fin janvier 2021 dans JCO Clinical Cancer Informatics *. De par sa nature agnostique, le codage « OSIRIS » a pour vocation de servir de multiples futurs projets en cancérologie. En effet, OSIRIS se veut être une ressource généralisée des données de santé en cancérologie au point d’être interopérable au sein de systèmes distincts, à savoir indépendante de ceux-ci.

De ce fait depuis fin 2019, deux SIRIC : Bordeaux et Curie, travaillent à la mise en place d’entrepôts normalisés codés en « OSIRIS » dans chacun des hôpitaux du consortium : Institut Curie, CHU de Bordeaux et Institut Bergonié, avec l’objectif de répondre à une question clinique « en vie réelle » qui pourrait impacter la prise en charge des patients atteints d’adénocarcinomes du poumon métastatique dont les tumeurs présentent des addictions oncogéniques et qui reçoivent des thérapies ciblées. Ce projet permet de faire travailler ensemble un consortium pluridisciplinaire regroupant les oncologues médicaux spécialistes du Thorax dans les 3 sites, les anatomo-pathologistes, les biologistes moléculaires, les équipes de bioinformatique et de data science. L’équipe s’est donnée comme objectif 18 mois pour répondre à la question scientifique, et bénéficie d’un soutien financier des SIRIC de Bordeaux et Curie pour la mise en œuvre du projet.

Accéder au site de l’Inca sur le projet OSIRIS, projet national sur le partage des données.

*Lien vers la publication scientifique prochainement disponible